Tam giác San Hô là chủ đề của những nỗ lực bảo tồn cấp cao của các chính phủ trong khu vực, các tổ chức bảo tồn thiên nhiên như là Quỹ Quốc tế Bảo vệ Thiên nhiên (WWF), The Nature Conservancy và Tổ chức Bảo tồn Quốc tế, và các tổ chức tài trợ như Ngân hàng Phát triển châu Á (ADB), Global Environment Facility và USAID.

Sáng kiến Tam giác San Hô về các Rạn san hô, Ngư nghiệp và An ninh Lương thực

Vào tháng 8 năm 2007, Tổng thống nước Indonesia Yudhoyono đã đề nghị một sự hợp tác đa phương nhằm "giữ gìn vùng biển của khu vực cũng như nguồn tài nguyên sinh học ven bờ" với năm quốc gia nằm trong khu vực Tam giác San Hô (Malaysia, Timor-Leste, Papua New Guinea, Quần đảo Solomon và Philippines). Sự hợp tác đa phương này sau đó được đặt tên là Sáng kiến Tam giác San hô về các Rạn san hô, Ngư nghiệp và An ninh Lương thực (viết tắt là CTI-CFF theo tên tiếng Anh: Coral Triangle Initiative on Coral Reefs, Fisheries and Food Security).

Mục tiêu của CTI-CFF

1. Ưu tiên định rõ các cảnh biển và quản lý hiệu quả
2. Áp dụng đầy đủ Approach to Management of Fisheries (EAFM) và các tài nguyên biển khác
3. Xây dựng Khu Bảo tồn biển và quản lý hiệu quả
4. Đạt được các biện pháp thích nghi với biến đổi khí hậu
5. Cải thiện tình trạng của các loài bị đe dọa